公开 – 第 2 页 – 转座子实验室

研究方向1：靶向DNA转座子挖掘及高效安全载体递送技术研发
主要开展靶向DNA转座子挖掘、活性转座子验证筛选、系统优化和转座酶定向进化，为人类基因治疗和生物转基因研究提一种安全高效的靶向非病毒载体递送系统，为实现较大基因片段在细胞基因组中的高效定点整合，破解制约众多基因治疗和基因组改造应用的关键瓶颈，释放其在生物转基因育种和基因治疗等应用方向巨大潜力提供技术积累。

研究方向2：转座子起源小分子靶向核酸酶挖掘及基因编辑工具开发
通过对原核生物基因组大数据挖掘，揭示IS605，IS607和IS1341转座子起源小分子核酸酶（TnpB和IscB）的系统进化和结构特征，筛选具有开发潜力的小分子核酸酶进行定向进化、分子重构，研发基因编辑效率高、靶向特异性强的新型基因编辑工具，为人类基因治疗和转基因生物育种提供更加安全高效的编辑系统。

研究方向3：基于猪基因组中活性逆转座子插入多态（RIP）为基础的分子标记研发、RIP液相芯片及育种应用评估
主要开展猪等家畜基因组转座子注释，逆转座子介导产生分子标记（也称为转座子插入多态RIP，Retrotransposon insertion polymorphism）规模挖掘及其遗传效应研究，RIP标记配套液相芯片研发及其在育种中的应用评估。

二、博士申请（硕博连读和申请考核）要求

参照学校和学院每年发布的当年申请要求，一般应达到以下要求：

硕博连读基本条件
（一）拥护中国共产党的领导，具有正确的政治方向，热爱祖国，愿意为社会主义现代化建设服务，遵纪守法，品行端正。无任何考试作弊、学术剽窃及其它违法违纪行为。
（二）身体和心理健康状况符合我校体检要求。按照教育部、卫生部、中国残联印发的《普通高等学校招生体检工作指导意见》（教学〔2003〕3号）、《教育部办公厅卫生部办公厅关于普通高等学校招生学生入学身体检查取消乙肝项目检测有关问题的通知》（教学厅〔2010〕2号）规定执行。
（三）英语水平。通过CET-4或具有一年及以上的国外留学经历。
（四）学分课（学术型、专业型分别排名）成绩排名年级前50%，且没有考试不及格的课程。
（五）在满足上述条件的前提下，英语通过CET-6，或近三年雅思（IELTS）成绩≥6.5分或托福（TOEFL）成绩≥85或GRE成绩≥260；或以第一作者发表SCI论文（需Online，截止日期12月31日）；或授权发明专利（排名前2名，截止日期12月31日）者，优先考虑。

申请考核基本要求
专业考核包括申请者科研成果、英语水平审核和面试考核。
（一）科研成果
1.以第一作者身份发表SCI收录论文1篇，或CSCD（核心库）收录论文1篇，或北大中文核心收录论文2篇；
2.在满足条件1的前提下，有授权发明专利（排名前2名）者优先。
（二）英语水平
英语水平达到以下条件之一：
1.提供以下至少一项英语考试的成绩证明，具体包括：国家CET-6成绩≥426分，或近三年雅思（IELTS）成绩≥6.5分或托福（TOEFL）成绩≥85（老TOEFL成绩≥560分）；
2.在英语国家或地区获得硕士学位；
3.具有一年及以上的英语国家国外留学经历；
4.发表SCI三区（中科院分区）以上（含三区）论文1篇，且国家CET-4成绩≥426分。

三、博士后招聘要求

1、具有博士学位，品学兼优，身体健康，年龄不超过35周岁。
2、获得博士学位年限不超过两年。
3、全职全时，不招收在职博士后。
4、专业背景（生物学、遗传学、发育生物学、细胞生物学、生物化学与分子生物学、生物物理学、生物信息学、动物遗传育种），熟悉哺乳动物细胞培养或者生物信息学分析优先考虑。
5、学术要求（以下两项需满足一项即可）：
（1）申请师资博士后需以第一作者在SCI期刊上发表论文至少2篇，且Top期刊研究论文1篇，或一区研究论文1篇。
（2）申请全职博士后需以第一作者在SCI期刊上发表研究论文2篇或二区以上研究论文1篇。
6、符合扬州大学博士后管理的规定

四、博士后应聘材料

1、个人简历，包括个人基本情况、学习工作经历、主要研究工作内容、博士在学期间发表的第一作者论著清单（SCI收录文章需注明影响因子）、获得的奖励情况。
2、博士学位证书、毕业证书（应届毕业生可于毕业后补发）。
3、博士论文全文PDF版（应届毕业生可于毕业后补发）。
4、博士在学期间发表的第一作者SCI收录论著全文。
5、两封专家推荐信（包括博士导师的推荐信）。
6、博士后工作期间研究设想。

五、待遇

1、博士的奖助学金参照学校和学院说明。

2、博士后按照扬州大学相关福利待遇规定执行，税前基本年薪25-30万元/年，详见学校博士后工作 (yzu.edu.cn)。
2、在享受学校相关待遇基础上，课题组将另提供与其业绩相称的年终绩效奖励。

六、应聘方式

1、招聘长期有效，有意向者，请将详细的个人简历（包括完整的学习工作经历及代表成果清单）以邮件形式发送，邮件主题注明“申请扬州大学转座子实验室博士后/博士”；
2、联系人：宋老师 Email：cysong@yzu.edu.cn

国外学术岗位招聘

Job in Bioloxy

https://professorpositions.com/n1388548

学校规章制度

课题组研究生成果奖励制度等（2025年试行）
一、博士后、博、硕士研究生申请学位论文发表要求
国内博士后至少发表1篇5分以上SCI研究论文（或者1区），积极申请国家、江苏省博士后基金、国家自然科学基金青年基金
博士研究生发表2篇以上SCI研究论文，其中至少1篇3区以上
硕士研究生发表1篇SCI研究论文
二、研究生成果奖励制度
论文奖励
1区论文第1、2、3作者分别奖励：3000元/篇、1000元/篇、500元/篇
2区论文第1、2、3作者分别奖励：1500元/篇、500元/篇
3区论文第1、2作者分别奖励：1000元/篇、500元/篇
4区及以下论文（含EI收录论文）第1作者奖励：800元/篇
第1作者在北京大学《中文核心期刊要目总览》中的学术期刊上发表的论文500元/篇。
注：
在学校顶尖期刊杂志发表的论文，第1作者追加6000元/篇奖励，在学校顶级期刊杂志发表的论文，第1作者追加4000元/篇奖励，在SCI影响因子10以上杂志发表的论文，第1作者追加3000元/篇奖励，不累加，按照最高标准奖励。
SCI分区以当年中科院分区为准，SCI影响因子依据当年发布为准
第2、3作者在论文奖励时，需要申报在发表论文中所作贡献，并经导师和第1作者确认贡献大小，如贡献很小或者无贡献则降低奖励标准或者不奖励。
导师排名在前3不影响对论文有贡献学生的奖励，参照以上标准顺沿奖励除导师外排名前3学生。
论文奖励发放以正式录用为准。
其它奖励（专利、研究生创新计划项目资助和优秀毕业论文奖励等）
申请发明专利并获得受理的主要完成人（除老师外，学生前2名），1000元/项，按照排名分别按70%:30%比例分配，如其他人确有较大贡献酌情奖励。
研究生获得科研创新计划项目（第1申请人）省资助，1000元/项，校资助，500元/项，博士后获得全国博士后基金一般资助项目2000元/项，特别资助项目5000元/项，国家青年基金项目5000元/项。
参加国内二级学会以上主办的会议作报告，400元/次，论文获奖，800元/篇。
毕业后获得省级优秀论文追加奖励，省级优秀博士论文（3000元/篇），省级优秀硕士学位论文（1000元/篇）、本实验室硕士获得省级优秀本科毕业论文（1000元/篇）
三、考勤和补助发放制度
考勤时间：开学时间上午8:30，下午2:30，寒暑期间上午9:00，下午2:30，出勤率达80%以上为考勤合格
博士研究生基础补助600元/月+绩效补助400元/月
硕士研究生基础补助300元/月+绩效补助200元/月
圆满完成值日任务，考勤合格，方可发放基础补助
完成每月科研目标任务，方可发放绩效补助。
四、读书报告及进展汇报安排
博士、硕士研究生每周认真准备PPT，并汇报进展
Journal Club: 博士后、博士、硕士（志愿参加）轮流做英文读书报告（每周1人）
Postdocs and PhD students will take turns to present journal club reports in English (one person per week, after lab meeting), Master Volunteers are welcome to participate.
读书报告文章除导师指定外，应为当年和上一年度发表的文章，IF>=5
Articles for the journal club reports should be from the current year or the previous year, with an Impact Factor (IF) of at least 5, unless specified by the supervisor.
五、其它若干公约、制度
本实验室所有成员应互帮互助、团结协作、服从管理，积极参与卫生清洁等公益工作，维护环境整洁优美，故意制造矛盾，无事生非，破坏实验室团结者取消在本实验室开展工作权利；
任何时间不得在学习室和实验室玩游戏，发现1次者停发2个月补助，发现2次者，暂停培养，约谈家长；
任何人不得在工作时间在学习室和实验室看电影、电视等视频，发现1次者停发1个月补助；
研究生负责对指导的本科生进行安全、卫生等制度的教育，纪律制度参照研究生标准，不能认真执行且屡教不改者，中止实验，另择导师。
学校制度
扬州大学专利管理办法
扬州大学申请博士学位的科研成果基本要求
扬州大学博士后管理工作规定
关于印发《扬州大学博士研究生指导教师招生工作实施细则（修订）》的通知
关于印发《扬州大学博士研究生“申请考核制”招生实施办法（修订）》的通知
关于印发《扬州大学博士研究生招生管理办法（修订）》的通知
中国科学院文献情报中心发布的《国际期刊预警名单（试行）》-2022

5.5关于印发《扬州大学专利管理办法（修订）》的通知（2022）下载

扬州大学申请博士学位的科研成果基本要求（修订）（扬大研院〔2023〕2号）下载

扬州大学博士后管理工作规定下载

关于印发《扬州大学博士研究生指导教师招生工作实施细则（修订）》的通知下载

关于印发《扬州大学博士研究生招生管理办法（修订）》的通知下载

关于印发《扬州大学博士研究生招生管理办法（修订）》的通知-1 下载

科研合作

PEI, Germany:Prof./Dr Zoltan Ivics Research Division of Medical Biotechnology – Paul-Ehrlich-Institut (pei.de)

Gao Bo and Shen Dan, Academic visiting in PEI, Germany, 2018-2019

Mobilome Group, Academic visiting in PEI, Germany, 2019

University of Birmingham, UK: Professor Ferenc Mueller – Institute of Cancer and Genomic Sciences – University of Birmingham

Ferenc Mueller, Academic visiting Mobilome Lab, 2015

Ferenc Mueller, Academic visiting Mobilome Lab, 2013

Chengyi Song, Academic visiting in Karlsruhe Institute of Technology (KIT), Germany, 2006-2007

FNB, Germany: Prof./Dr Klaus Wimmers fbn-dummerstorf.de

Chengyi Song, Academic visiting in FBN, Germany, 2015

Università di Messina, Italy: Prof. Enrico D’Alessandro unime.it

上海细胞治疗集团 shcell.com

先正达集团 Syngenta | China

其它国际知名基因和细胞治疗企业（目前无合作项目）

Tessera Therapeutics

药明康德 (wuxiapptec.com)

药明巨诺 (jwtherapeutics.com)

传奇生物 (legendbiotech.cn)

赛业生物 (cyagen.com)

Tn Progress

Group	Superfamily	Family	Identified in TnLab	Tn number detected	Species number containing Tn	Identified in other Lab
ITm	Tc1/mariner	DD34E/ZB and ZB like	X	629	629
		DD34E/SB and SB like	X	366	366
		DD34E/Skipper (SK)	X	254	200
		DD35E/Traveler (TR)	X	91	91
		DD36E/Incomer (IC)	X	154	141
		DD37E/TRT
		DD37E/Mosquito (MS)	X	73	73
		DD38E/Intruder (IT)	X	142	142
		DD34D/Mariner	X
		DD37D/maT	X	147	147
		DD39D/Guest (GT)	X	177	177
		DD41D/Visitor (VS)	X	194	171
	DD × D (pogo)	Fot/Fot-like (DD35D)	X	455	364
		Passer (PS)/DD35D	X	404	391
		Tigger/DD29-36	X	325	325
		pogoR/DD29-59D	X	74	68
		Lemi/DD29D-42D	X	84	68
		Mover/DD36E	X	20	7
	DD82E/Sailor	DD82E/Sailor	X	256	256
	DD34E/Gambol	DD34E/Gambol (GB)	X	29	19
	DD34E/Gambol	DD35E/Hiker (HK)	X	178	178
IS256/DxxH	MULE	MuDR
	MULE	Rehavkus
	P element
	hAT	TcBuster/TB	X	609	609
		Ac
		Tip
		Cleaner/CN	X	622	622
		Dancer/DN	X	124	124
		Roamer/RM		261	261
	Kolobok
IS1380/piggyBac	piggyBac			44	44
?	SOLA	SOLA1
		SOLA2
		SOLA3
IS5/PHIS	PHIS	PIF/Harbinger
		ISL2EU
		Spy		150	150
		Pangu
		NuwaI
		NuwaII
CCHH	CMC	EnSpm/CACTA
		Mirage
		Chapaev
	Transib
?	Academ
Rolling circle	Helitron
Self-synthesizing?	Tnv
Self-synthesizing?	Casposons Cas1

Distribution of ITM

Distribution of pogo

Distribution of the well-defined familes of hAT

制定标准

1）国家标准：沙乌头猪（GB/T 40157-2021），起草人：王宵燕、宋成义、朱慈根、潘雨来、唐慧娟、王勇、侯庆永、李平华、陈才、安亚龙、沈富林、陆雪林、徐忠惠、李何君、吴昊旻、张新生、沈东

2）团体标准：猪SINE逆转座子插入多态（RIP）分子标记遗传多样性检测技术规程（T/JASSSS 81-2023），2023-5-23发布，起草人：陈才、王宵燕、宋成义、高波、潘雨来、王勇、朱慈根
3）江苏省地方标准：沙乌头猪（DB32/T 3852-2020），起草人：宋成义、王宵燕、陈才、高波、朱慈根、潘雨来、王勇、唐慧娟、侯庆永、刘宗华、李平华
4）江苏省地方标准：姜曲海猪（DB32/T 1009—2006），起草人：宋成义、经荣斌、王宵燕、张金存、杨元清、王勇、侯庆永。
5）江苏省实验用小型猪：遗传质量控制，起草人：高波、宋成义、王宵燕、陈才等。
6）江苏省地方标准：米猪，起草人：王宵燕、宋成义、高波、陈才等。

科研项目

RNA引导靶向核酸酶挖掘及其与转座酶融合的基因靶向整合技术研发，横向合作项目，2023.1-2025.1
靶向基因递送系统TnpB关联转座子挖掘、优化及安全性评估（32271508），国家自然科学基金面上项目，2023.1-2026.12
猪脂肪酸智能化快速精准表型测定技术研发（NK202211060209），国家种业振兴专项子项目，2022.6-2026.12
猪全基因组选择RIP标记挖掘、液相芯片研发及其在苏姜猪育种中应用评估（JBGS〔2021〕028），江苏省种业振兴“揭榜挂帅”项目，2022.1-2026.12
农业部国家级地方猪品种（沙乌头猪、米猪、淮猪）遗传材料采集制作专项（19190634），农业部,2019/01-2020/12
转座子介导安全高效基因编辑技术研究（2018ZX08010-08B），国家转基因生物新品种培育重大专项重点项目，2018/01-2019/12；
猪蛋白编码基因内SINE转座子插入多态位点鉴定及其对基因活性和表型的影响（31872977），国家自然科学基金面上项目，2019/01-2022/12
猪基因组中活性转座子的插入多态鉴定及重要经济性状分子标记筛选（31572364），国家自然科学基金面上项目，2016/01-2019/12
猪蛋白编码基因3”UTR区SINE转座子插入多态位点的遗传效应研究（32002146），国家自然科学基金青年基金，2021.1-2023.12
3”UTR区SINE多态对基因活性的影响（2020M671630），中国博士后科学基金面上项目，2020.7-2021.7
转座子介导斑马鱼精子插入突变体库构建及超级增强子分离鉴定（31671313），国家自然科学基金面上项目，2017/01-2020/12
转座子介导克隆及分析鸡胚早期心脏发育相关基因（31200920），国家自然科学基金青年基金项目，2013/01-2015/12
猪精子RNA的起源机制、消亡规律及其早期胚胎发育调控功能研究（31272406），国家自然科学基金面上项目，2013/01-2016/12
优质抗病苏姜猪新品种产业化及持续育种能力建设，国家发展改革委员会生物育种能力建设和产业化专项（[2014]2573），2014/01-2017/12
猪基因定点敲除与RNA靶向干扰研究（2009ZX08010-019B），国家转基因生物新品种培育重点项目子项目，2009/01-2010/12
以转座子多态为基础的猪分子育种关键技术创新及应用，项目编号CX(19)2016），江苏省农业科技自主创新资金项目， 2019.07-2022.06
利用转基因技术创制梅山医用小型猪（BY2013063-03），江苏省产学研联合创新资金–前瞻性联合研究项目，2013/06-2016/12
SB转座子甲基化修饰在猪基因组上促转座作用研究（201104168），中国博士后科学基金特别资助项目，2011/10-2013/12
睡美人（SB）转座子在制备转基因猪中的应用（20100480371），中国博士后科学基金项目，2010/10-2013/12。
转座子载体法建立转基因鸡输卵生物反应器技术体系（BK2007555），江苏省自然科学基金项目，2007/06-2009/12。

授权和申请专利

授权专利

一种基于比较基因组学的转座子插入多态TIP分子标记的挖掘方法，ZL201910384029.7，授权时间：2023.7.28，发明人：陈才、宋成义、王宵燕、高波、沈丹、王赛赛、王亚丽、李奎，专利权人：扬州大学
一种与猪背膘厚关联的GHR基因内SINE转座子多态分子标记检测方法及应用，专利号：ZL201910409360.X，授权时间：2022.6.14，发明人：陈才、宋成义、王宵燕、高波、沈丹、王赛赛、王亚丽、李奎，专利权人：扬州大学
一个与猪背膘厚关联的ZNF2 基因内SINE 转座子多态分子标记及其检测方法，授权专利号：ZL202010690558.2，授权公告日：2022.7.17，发明人：宋成义、顾浩、陈才、高波、王宵燕、李奎，专利权人：扬州大学
一种与猪生长速度关联的SINE转座子多态分子标记及其检测方法和应用，专利号： ZL202011057170.5,授权公告日：2022.7.12，发明人：王宵燕、迟诚林、陈才、宋成义、高波、李奎，专利权人：扬州大学
一种提高猪生长速度的连锁分子标记、其检测方法及应用，专利号：ZL202010629476.7,授权公告日：2022.7.15，发明人：王宵燕、安亚龙、陈才、宋成义、高波、李奎、陈子璇、迟诚林，专利权人：扬州大学
一种PS转座子系统及其介导的基因转移方法，授权专利号：ZL201910366530.0，授权公告日：2022.7.15，发明人：宋成义、王赛赛、高波、宗文成、沈丹、王亚丽、产舒恒、桑亚通，专利权人：扬州大学
一种基于猪SINE转座子插入多态性研发新型分子标记的方法，授权专利号：ZL201710928980.5，授权公告日：2020.7.3，发明人：宋成义、陈才、王伟、杨昆仑、张丽、沈丹、王赛赛、王宵燕、高波，专利权人：扬州大学
一种基于猪LINE1转座子插入多态性研发新型分子标记的方法，授权专利号：ZL201710928978.8，授权公告日：2020年2月14日，发明人：宋成义、陈才、王伟、杨昆仑、张丽、沈丹、王赛赛、王宵燕、高波、赵旭庭、周春宝、陶勇、倪黎纲，专利权人：扬州大学
一种基于LINE1转座子与微卫星引物相结合的猪基因组分子标记挖掘方法，授权专利号：ZL201810068583.X，授权公告日：2020年2月7日，发明人：宋成义、王伟、陈才、张丽、沈丹、王赛赛、王宵燕、高波，专利权人：扬州大学
一种基于猪ERV转座子插入多态性研发新型分子标记的方法，授权专利号：ZL201710928987.7，授权公告日：2020年6月2日，发明人：宋成义、王伟、陈才、杨昆仑、张丽、沈丹、王赛赛、王宵燕、高波，专利权人：扬州大学
一种ZB转座子系统及其介导的基因转移方法，授权专利号：ZL201510429987.3，授权公告日：2019年5月7日，发明人：高波、沈丹、宋成义、钱跃、薛松磊、王赛赛，专利权人：扬州大学
一种转基因动物的制备方法，授权专利号：ZL200810123956.5，授权公告日：2010年12月22日，发明人：宋成义、高波、谢飞、王宵燕、陈国宏、孙丽亚、赵芹、吴晗，专利权人：扬州大学
一种基因免疫方法，授权专利号：ZL200810123602.0，授权公告日：2010年8月18日，发明人：宋成义、高波、谢飞、王宵燕、陈国宏、孙丽亚、赵芹、吴晗，专利权人：扬州大学
一种苏姜猪品种的培育方法，授权专利号：ZL201010178093.9，授权公告日：2012.07.25，发明人：经荣斌、宋成义、王霄燕、张金存、胡在朝，专利权人：扬州大学

申请专利

一种Buster转座子系统及其应用，申请日：2024.6.12，申请号：2024107525095，发明人：宋成义、关中夏、高波、王冰清、石莎莎
一种Spy转座子系统及其介导的基因转移方法，申请日：2024.1.30，申请号：20241012462067，发明人：宋成义、Mohamed Diaby（中文名：莫哈迪；国籍：科特迪瓦）、高波、石莎莎、王冰清、吴晗

发表论文

Selected

Zong, W., Chen, L., Zhang, D., Zhang, Y., Wang, J., Hou, X., Chai, J., An, Y., Tian, M., He, X., Song, C., He, J., Liu, X., Wang, L., D’Alessandro, E., Wang, L., Yin, Y., Li, M., Liu, D., Wang, J., … Zhang, L. (2025). Two telomere-to-telomere pig genome assemblies and pan-genome analyses provide insights into genomic structural landscape and genetic adaptations. iMeta, 4(2), e70013. https://doi.org/10.1002/imt2.70013
Diaby, M., Wu, H., Gao, B., Shi, S., Wang, B., Wang, S., Wang, Y., Wu, Z., Chen, C., Wang, X., & Song, C*. (2024). A Naturally Active Spy Transposon Discovered from the Insect Genome of Colletes gigas as a Promising Novel Gene Transfer Tool. Advanced science, e2400969. https://doi.org/10.1002/advs.202400969
SONG, C. and IVICS, Z. (2024). Transposable Elements as Tools. In Transposable Elements and Genome Evolution (eds A. Hua-Van and P. Capy). https://doi.org/10.1002/9781394312467.ch10
Saisai Wang, Bo Gao, Csaba Miskey, Zhongxia Guan, Yatong Sang, Cai Chen, Xiaoyan Wang, Zoltán Ivics, Chengyi Song*, Passer, a highly active transposon from a fish genome, as a potential new robust genetic manipulation tool, Nucleic Acids Research, 2023;, gkad005, https://doi.org/10.1093/nar/gkad005
Dan Shen, Chengyi Song, Csaba Miskey, Shuheng Chan, Zhongxia Guan, Yatong Sang, Yali Wang, Cai Chen, Xiaoyan Wang, Ferenc Müller, Zoltán Ivics, Bo Gao* , A native, highly active Tc1/mariner transposon from zebrafish (ZB) offers an efficient genetic manipulation tool for vertebrates, Nucleic Acids Research, 2021 Feb 26;49(4):2126-2140. https://doi.org/10.1093/nar/gkab045.
Shasha Shi, Mikhail V. Puzakov, Ludmila V. Puzakova, Yulia N. Ulupova, Kuilin Xiang, Binqing Wang, Bo Gao, Chengyi Song*, Hiker, a new family of DNA transposons encoding transposases with DD35E motifs, displays a distinct phylogenetic relationship with most known DNA transposon families of IS630-Tc1-mariner (ITm), Molecular Phylogenetics and Evolution, 2023 Aug 14:107906. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2023.107906.
Shasha Shi, Mikhail Puzakov, Zhongxia Guan, Kuilin Xiang, Mohamed Diaby, Yali Wang, Saisai Wang, Chengyi Song, and Bo Gao*. 2021. Prokaryotic and Eukaryotic Horizontal Transfer of Sailor (DD82E), a New Superfamily of IS630-Tc1-Mariner DNA Transposons. Biology 10, no. 10: 1005. https://doi.org/10.3390/biology10101005
Wang X, Chen Z, Murani E, D’Alessandro E, An Y, Chen C, Li K, Galeano G, Wimmers K, Song C*. A 192 bp ERV fragment insertion in the first intron of porcine TLR6 may act as an enhancer associated with the increased expressions of TLR6 and TLR1. Mobile DNA. 2021 Aug 18;12(1):20. https://doi.org/10.1186/s13100-021-00248-w.
Naisu Yang, Bohao Zhao, Yang Chen, Enrico D’Alessandro, Cai Chen, Ting Ji, Xinsheng Wu, Chengyi Song*, Distinct Retrotransposon Evolution Profile in the Genome of Rabbit (Oryctolagus cuniculus), Genome Biology and Evolution, Volume 13, Issue 8, August 2021, evab168, https://doi.org/10.1093/gbe/evab168
Cai Chen, Enrico D’Alessandro, Eduard Murani, Yao Zheng, Domenico Giosa, Naisu Yang, Xiaoyan Wang, Bo Gao, Kui Li, Klaus Wimmers & Chengyi Song*. SINE jumping contributes to large-scale polymorphisms in the pig genomes. Mobile DNA, 2021 Jun 28;12(1):17. https://doi.org/10.1186/s13100-021-00246-y.
Wencheng Zong, Runze Zhao, Xiaoyan Wang, Chenyu Zhou, Jinbu Wang, Cai Chen, Naiqi Niu, Yao Zheng, Li Chen, Xin Liu, Xinhua Hou, Fuping Zhao, Ligang Wang, Lixian Wang, Chengyi Song, Longchao Zhang*, Population genetic analysis based on the polymorphisms mediated by transposons in the genomes of pig, DNA Research, 2024;, dsae008, https://doi.org/10.1093/dnares/dsae008

2025

Zong, W., Chen, L., Zhang, D., Zhang, Y., Wang, J., Hou, X., Chai, J., An, Y., Tian, M., He, X., Song, C., He, J., Liu, X., Wang, L., D’Alessandro, E., Wang, L., Yin, Y., Li, M., Liu, D., Wang, J., … Zhang, L. (2025). Two telomere-to-telomere pig genome assemblies and pan-genome analyses provide insights into genomic structural landscape and genetic adaptations. iMeta, 4(2), e70013. https://doi.org/10.1002/imt2.70013
Cai Chen, Mengli Wang, Yao Zheng, Ziyan Liu, Phiri Azele, Ahmed A. Saleh, Xiaoyan Wang & Chengyi Song. A 280 bp SINE insertion within the pig PLA2G16 could potentially modify gene expression through integration with its transcript. J Appl Genetics (2025). https://doi.org/10.1007/s13353-024-00933-5
Saleh, A. A., Moawad, A. S., Yang, N., Zheng, Y., Chen, C., Wang, X., Gao, B., & Song, C. (2025). Association of a 7.9 kb Endogenous Retrovirus Insertion in Intron 1 of CD36 with Obesity and Fat Measurements in Sheep. Mobile DNA, 16(1), 12. https://doi.org/10.1186/s13100-025-00349-w
Wang Xiaoyan , Zhou Chenyu , Zheng Yao , Yu Miao , He Jia , Chen Cai , Qiao Suwei , Moawad Ali Shoaib , Tian Guoxing , Li Bixia , Song Chengyi. Population structure and genetic diversity of Mi pigs based on SINE-RIPs, Frontiers in Veterinary Science, Volume 12 – 2025, https://doi.org/10.3389/fvets.2025.1500115

2024

SONG, C. and IVICS, Z. (2024). Transposable Elements as Tools. In Transposable Elements and Genome Evolution (eds A. Hua-Van and P. Capy). https://doi.org/10.1002/9781394312467.ch10
Diaby, M., Wu, H., Gao, B., Shi, S., Wang, B., Wang, S., Wang, Y., Wu, Z., Chen, C., Wang, X., & Song, C*. (2024). A Naturally Active Spy Transposon Discovered from the Insect Genome of Colletes gigas as a Promising Novel Gene Transfer Tool. Advanced science, e2400969. https://doi.org/10.1002/advs.202400969
Wencheng Zong, Runze Zhao, Xiaoyan Wang, Chenyu Zhou, Jinbu Wang, Cai Chen, Naiqi Niu, Yao Zheng, Li Chen, Xin Liu, Xinhua Hou, Fuping Zhao, Ligang Wang, Lixian Wang*, Chengyi Song*, Longchao Zhang*, Population genetic analysis based on the polymorphisms mediated by transposons in the genomes of pig, DNA Research, 2024;, dsae008, https://doi.org/10.1093/dnares/dsae008
Moawad, Ali Shoaib, Fengxu Wang, Yao Zheng, Cai Chen, Ahmed A. Saleh, Jian Hou, and Chengyi Song*. 2024. Evolution of Endogenous Retroviruses in the Subfamily of Caprinae. Viruses 16, no. 3: 398. https://doi.org/10.3390/v16030398
Guo, Mengke, George A. Addy, Naisu Yang, Emmanuel Asare, Han Wu, Ahmed A. Saleh, Shasha Shi, Bo Gao, and Chengyi Song*. 2024. PiggyBac Transposon Mining in the Small Genomes of Animals. Biology 13, no. 1: 24. https://doi.org/10.3390/biology13010024
Saisai Wang, Zhongxia Guan, Mohamed Diaby, Emmanuel Asare, Numan Ullah, Wenzhu Jia, Bo Gao, Duonan Yu, Chengyi Song*, Evolution of Skipper (SK), a family of DD34E/Tc1 transposons, in animals, Biological Journal of the Linnean Society, 2023;, blad141, https://doi.org/10.1093/biolinnean/blad141.
Du, Zhanyu, Cai Chen, Yao Zheng, Xiaoyan Wang, and Chengyi Song. 2024. Retroviral Insertion Polymorphism (RIP) of Porcine Endogenous Retroviruses (PERVs) in Pig Genomes. Animals 14, no. 4: 621. https://doi.org/10.3390/ani14040621
5) Wang, Bingqing, Ahmed A. Saleh, Naisu Yang, Emmanuel Asare, Hong Chen, Quan Wang, Cai Chen, Chengyi Song, and Bo Gao*. 2024. High Diversity of Long Terminal Repeat Retrotransposons in Compact Vertebrate Genomes: Insights from Genomes of Tetraodontiformes. Animals 14, no. 10: 1425. https://doi.org/10.3390/ani14101425
Book: Livestock Genome Editing Tools, 3. Associated technologies for genome editing, 2024, ISBN: 978-0-12-819099-9 https://doi.org/10.1016/C2018-0-04416-3
Moawad, Ali Shoaib, Fengxu Wang, Yao Zheng, Cai Chen, Ahmed A. Saleh, Jian Hou, and Chengyi Song*. 2024. Evolution of Endogenous Retroviruses in the Subfamily of Caprinae. Viruses 16, no. 3: 398. https://doi.org/10.3390/v16030398
Chen, Cai, Zhanyu Du, Yao Zheng, Hong Chen, Ahmed A. Saleh, Naisu Yang, Mengli Wang, Phiri Azele, Xiaoyan Wang, and Chengyi Song*. 2024. Investigation of Polymorphisms Induced by the Solo Long Terminal Repeats (Solo-LTRs) in Porcine Endogenous Retroviruses (ERVs). Viruses 16, no. 11: 1801. https://doi.org/10.3390/v16111801

2023

Saisai Wang, Bo Gao, Csaba Miskey, Zhongxia Guan, Yatong Sang, Cai Chen, Xiaoyan Wang, Zoltán Ivics, Chengyi Song*, Passer, a highly active transposon from a fish genome, as a potential new robust genetic manipulation tool, Nucleic Acids Research, 2023;, gkad005, https://doi.org/10.1093/nar/gkad005
Hao Gu, Zhan-yu Du, Eduard Murani, Enrico D’Alessandro, Cai Chen, Xiao-yan Wang, Jiu-de Mao, Klaus Wimmers, Chengyi Song*, A 314-bp SINE insertion in the ZNF2 promoter region may act as a repressor related to regulation of fat deposition in pigs, Journal of Integrative Agriculture, Volume 22, Issue 2, 2023, Pages 526-536, ISSN 2095-3119, https://doi.org/10.1016/j.jia.2022.08.128.
Li, Xueyuan, Zhongxia Guan, Feng Wang, Yali Wang, Emmanuel Asare, Shasha Shi, Zheguang Lin, Ting Ji, Bo Gao, and Chengyi Song*. 2023. Evolution of piggyBac Transposons in Apoidea. Insects 14, no. 4: 402. https://doi.org/10.3390/insects14040402
Wang, Yali, Mengke Guo, Naisu Yang, Zhongxia Guan, Han Wu, Numan Ullah, Emmanuel Asare, Shasha Shi, Bo Gao, and Chengyi Song*. 2023. Phylogenetic Relationships among TnpB-Containing Mobile Elements in Six Bacterial Species. Genes 14, no. 2: 523. https://doi.org/10.3390/genes14020523
Zheng, Yao, Cai Chen, Mengli Wang, Ali Shoaib Moawad, Xiaoyan Wang, and Chengyi Song*. 2023. SINE Insertion in the Pig Carbonic Anhydrase 5B (CA5B) Gene Is Associated with Changes in Gene Expression and Phenotypic Variation. Animals 13, no. 12: 1942. https://doi.org/10.3390/ani13121942
Xiang, Kuilin, Mikhail Puzakov, Shasha Shi, Mohamed Diaby, Numan Ullah, Bo Gao, and Chengyi Song*. 2023. Mosquito (MS), a DD37E Family of Tc1/Mariner, Displaying a Distinct Evolution Profile from DD37E/TRT and DD37E/L18. Genes 14, no. 7: 1379. https://doi.org/10.3390/genes14071379
Shasha Shi, Mikhail V. Puzakov, Ludmila V. Puzakova, Yulia N. Ulupova, Kuilin Xiang, Binqing Wang, Bo Gao, Chengyi Song*, Hiker, a new family of DNA transposons encoding transposases with DD35E motifs, displays a distinct phylogenetic relationship with most known DNA transposon families of IS630-Tc1-mariner (ITm), Molecular Phylogenetics and Evolution, 2023 Aug 14:107906. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2023.107906.
Ullah, Numan, Naisu Yang, Zhongxia Guan, Kuilin Xiang, Yali Wang, Mohamed Diaby, Cai Chen, Bo Gao, and Chengyi Song*. Comparative Analysis and Phylogenetic Insights of Cas14-Homology Proteins in Bacteria and Archaea. Genes. 2023; 14(10):1911. https://doi.org/10.3390/genes14101911.
He, Jia, Miao Yu, Chenglin Chi, Zhanyu Du, Yao Zheng, Cai Chen, Ali Shoaib Moawad, Chengyi Song, and Xiaoyan Wang*. 2023. Insertion of 643bp Retrotransposon Upstream of PPARγ CDS Is Associated with Backfat of Large White Pigs. Animals 13, no. http://14: 2355. https://doi.org/10.3390/ani13142355

2022

Jia, Wenzhu, Emmanuel Asare, Tao Liu, Pingjing Zhang, Yali Wang, Saisai Wang, Dan Shen, Csaba Miskey, Bo Gao, Zoltán Ivics, Qijun Qian, and Chengyi Song*. 2022. Horizontal Transfer and Evolutionary Profiles of Two Tc1/DD34E Transposons (ZB and SB) in Vertebrates. Genes 13, no. 12: 2239. https://doi.org/10.3390/genes13122239
Chi, Chenglin, Jia He, Zhanyu Du, Yao Zheng, Enrico D’Alessandro, Cai Chen, Ali Shoaib Moawad, Emmanuel Asare, Chengyi Song, and Xiaoyan Wang*. 2022. Two Retrotransposon Elements in Intron of Porcine BMPR1B Is Associated with Phenotypic Variation. Life 12, no. 10: 1650. https://doi.org/10.3390/life12101650
Wang, Xiaoyan, Chengling Chi, Jia He, Zhanyu Du, Yao Zheng, Enrico D’Alessandro, Cai Chen, Ali Shoaib Moawad, Emmanuel Asare, and Chengyi Song*. 2022. SINE Insertion May Act as a Repressor to Affect the Expression of Pig LEPROT and Growth Traits. Genes 13, no. 8: 1422. https://doi.org/10.3390/genes13081422.
Du, Zhanyu, Enrico D’Alessandro, Emmanuel Asare, Yao Zheng, Mengli Wang, Cai Chen, Xiaoyan Wang, and Chengyi Song*. 2022. Retrotransposon Insertion Polymorphisms (RIPs) in Pig Reproductive Candidate Genes. Genes 13, no. 8: 1359. https://doi.org/10.3390/genes13081359
Mohamed Diaby, Zhongxia Guan, Shasha Shi, Yatong Sang, Saisai Wang, Yali Wang, Wencheng Zong, Numan Ullah, Bo Gao, and Chengyi Song*. 2022. Revisiting the Tigger Transposon Evolution Revealing Extensive Involvement in the Shaping of Mammal Genomes. Biology 11, no. 6: 921. https://doi.org/10.3390/biology11060921.
Jia, Wenzhu, Zhongxia Guan, ShaSha Shi, Kuilin Xiang, Peihong Chen, Fen Tan, Numan Ullah, Mohamed Diaby, Mengke Guo, Chengyi Song, and Bo Gao*. 2022. The Annotation of Zebrafish Enhancer Trap Lines Generated with PB Transposon. Current Issues in Molecular Biology 44, no. 6: 2614-2621. https://doi.org/10.3390/cimb44060178.
Zhongxia Guan, Shasha Shi, Mohamed Diaby, Patrick Danley, Numan Ullah, Mikhail Puzakov, Bo Gao, Chengyi Song*, Horizontal transfer of Buster transposons across multiple phyla and classes of animals, Molecular Phylogenetics and Evolution, 2022, 173:107506, https://doi.org/10.1016/j.ympev.2022.107506.
Wang, Xiaoyan, Enrico D’Alessandro, Chenglin Chi, Ali S. Moawad, Wencheng Zong, Cai Chen, and Chengyi Song*. Genetic Evaluation and Population Structure of Jiangsu Native Pigs in China Revealed by SINE Insertion Polymorphisms. Animals, 2022, 12, no. 11: 1345. https://doi.org/10.3390/ani12111345.
Zhanyu Du, Enrico D’Alessandro, Yao Zheng, Mengli Wang, Cai Chen, Xiaoyan Wang, Chengyi Song*. Retrotransposon insertion polymorphisms (RIPs) in pig coat color candidate genes. Animals, 2022, 12, no. 8: 969. https://doi.org/10.3390/ani12080969.

2021

Shasha Shi, Mikhail Puzakov, Zhongxia Guan, Kuilin Xiang, Mohamed Diaby, Yali Wang, Saisai Wang, Chengyi Song, and Bo Gao*. 2021. Prokaryotic and Eukaryotic Horizontal Transfer of Sailor (DD82E), a New Superfamily of IS630-Tc1-Mariner DNA Transposons. Biology 10, no. 10: 1005. https://doi.org/10.3390/biology10101005
Liu, Yibing, Wencheng Zong, Mohamed Diaby, Zheguang Lin, Saisai Wang, Bo Gao, Ting Ji, and Chengyi Song*. 2021. Diversity and Evolution of pogo and Tc1/mariner Transposons in the Apoidea Genomes. Biology 10, no. 9: 940. https://doi.org/10.3390/biology10090940
Yali Wang, Dan Shen, Numan Ullah, Mohamed Diaby, Bo Gao, Chengyi Song*. Characterization and expression pattern of ZB and PS transposons in zebrafish. Gene Expr Patterns. 2021 Sep 1;42:119203. https://doi.org/10.1016/j.gep.2021.119203.
Wang X, Chen Z, Murani E, D’Alessandro E, An Y, Chen C, Li K, Galeano G, Wimmers K, Song C*. A 192 bp ERV fragment insertion in the first intron of porcine TLR6 may act as an enhancer associated with the increased expressions of TLR6 and TLR1. Mobile DNA. 2021 Aug 18;12(1):20. https://doi.org/10.1186/s13100-021-00248-w.
Naisu Yang, Bohao Zhao, Yang Chen, Enrico D’Alessandro, Cai Chen, Ting Ji, Xinsheng Wu, Chengyi Song*, Distinct Retrotransposon Evolution Profile in the Genome of Rabbit (Oryctolagus cuniculus), Genome Biology and Evolution, Volume 13, Issue 8, August 2021, evab168, https://doi.org/10.1093/gbe/evab168
Cai Chen, Enrico D’Alessandro, Eduard Murani, Yao Zheng, Domenico Giosa, Naisu Yang, Xiaoyan Wang, Bo Gao, Kui Li, Klaus Wimmers & Chengyi Song*. SINE jumping contributes to large-scale polymorphisms in the pig genomes. Mobile DNA, 2021 Jun 28;12(1):17. https://doi.org/10.1186/s13100-021-00246-y.
Chen, Cai, Yao Zheng, Mengli Wang, Eduard Murani, Enrico D’Alessandro, Ali S. Moawad, Xiaoyan Wang, Klaus Wimmers, and Chengyi Song* . SINE Insertion in the Intron of Pig GHR May Decrease Its Expression by Acting as a Repressor. Animals. 2021 Jun 23;11(7):1871. https://doi.org/10.3390/ani11071871.
Chen, Cai, Xiaoyan Wang, Wencheng Zong, Enrico D’Alessandro, Domenico Giosa, Yafen Guo, Jiude Mao, and Chengyi Song* . Genetic Diversity and Population Structures in Chinese Miniature Pigs Revealed by SINE Retrotransposon Insertion Polymorphisms, a New Type of Genetic Markers. Animals. 2021 Apr 15;11(4):1136. https://doi.org/10.3390/ani11041136.
Saisai Wang, Mohamed Diaby, Mikhail Puzakov, Numan Ullah, Yali Wang, Patrick Danley, Cai Chen, Xiaoyan Wang, Bo Gao, Chengyi Song*, Divergent evolution profiles of DD37D and DD39D families of Tc1/mariner transposons in eukaryotes, Molecular Phylogenetics and Evolution, 2021 Mar 10:107143. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2021.107143.
Dan Shen, Chengyi Song, Csaba Miskey, Shuheng Chan, Zhongxia Guan, Yatong Sang, Yali Wang, Cai Chen, Xiaoyan Wang, Ferenc Müller, Zoltán Ivics, Bo Gao* , A native, highly active Tc1/mariner transposon from zebrafish (ZB) offers an efficient genetic manipulation tool for vertebrates, Nucleic Acids Research, 2021 Feb 26;49(4):2126-2140. https://doi.org/10.1093/nar/gkab045.

2020

Bo Gao; Wencheng Zong; Csaba Miskey; Numan Ullah; Mohamed Diaby; Cai Chen; Xiaoyan Wang; Zoltán Ivics; Chengyi Song*. Intruder (DD38E), a recently evolved sibling family of DD34E/Tc1 transposons in animals. Mobile DNA, 2020 Dec 10;11(1):32. https://doi.org/10.1186/s13100-020-00227-7
Bo Gao, Yali Wang, Mohamed Diaby, Wenchen Zong, Dan Shen, Saisai Wang, Cai Chen, Xiaoyan Wang, Chengyi Song*. Evolution of pogo, a separate superfamily of IS630-Tc1-mariner transposons, revealing recurrent domestication events in vertebrates. Mobile DNA, 2020 Jul 22;11:25. https://doi.org/10.1186/s13100-020-00220-0
Bo Gao, Yatong Sang, Wencheng Zong, Mohamed Diaby, Dan Shen, Saisai Wang, Yali Wang, Cai Chen, Chengyi Song*. Evolution and Domestication of Tc1/mariner transposons in the African coelacanth (Latimeria chalumnae) genome. Genome, 2020 Aug;63(8):375-386. https://doi.org/10.1139/gen-2019-0216.
Dan Shen, Bo Gao, Csaba Miskey, Cai Chen, Yatong Sang, Wencheng Zong, Saisai Wang, Yali Wang, Xiaoyan Wang, Zoltán Ivics, Chengyi Song*, Multiple Invasions of Visitor, a DD41D Family of Tc1/mariner Transposons, throughout the Evolution of Vertebrates, Genome Biology and Evolution, 2020 Jul 1;12(7):1060-1073. https://doi.org/10.1093/gbe/evaa135
Wencheng Zong, Bo Gao, Mohamed Diaby, Dan Shen, Saisai Wang, Yali Wang, Yatong Sang, Cai Chen, Xiaoyan Wang, Chengyi Song*. Traveler, a New DD35E Family of Tc1/Mariner Transposons, Invaded Vertebrates Very Recently. Genome Biology and Evolution, 2020 Mar 1;12(3):66-76. https://doi.org/10.1093/gbe/evaa034.

2019 and before

Yatong Sang, Bo Gao, Mohamed Diaby, Wencheng Zong, Cai Chen, Dan Shen, Saisai Wang, Yali Wang, Zoltán Ivics & Chengyi Song*. Incomer, a DD36E family of Tc1/mariner transposons newly discovered in animals. Mobile DNA, 2019 Nov 23;10:45. https://doi.org/10.1186/s13100-019-0188-x.
S. Wang, Y. Wang, D. Shen, L. Zhang, W. Chen, S. Chan, Z. Guan, C. Song & B. Gao*. ZB transposon and chicken vasa homologue (Cvh) promoter interact to increase transfection efficiency of primordial germ cells in vivo, British Poultry Science, 2019 Dec;60(6):724-728. https://doi.org/10.1080/00071668.2019.1639138.
Cai Chen, Wei Wang, Xiaoyan Wang, Dan Shen, Saisai Wang, Yali Wang, Bo Gao, Klaus Wimmers, Jiude Mao, Kui Li & Chengyi Song*. Retrotransposons evolution and impact on lncRNA and protein coding genes in pigs. Mobile DNA. 2019 May 6;10:19. https://doi.org/10.1186/s13100-019-0161-8.
Dan Shen, Songlei Xue, Shuheng Chan, Yatong Sang, Saisai Wang, Yali Wang, Cai Chen, Bo Gao, Ferenc Mueller, Chengyi Song*. Enhancer Trapping and Annotation in Zebrafish Mediated with Sleeping Beauty, piggyBac and Tol2 Transposons. Genes. 2018 Dec 13;9(12):630. https://doi.org/10.3390/genes9120630.
Bo Gao, Saisai Wang, Yali Wang, Dan Shen, Songlei Xue, Cai Chen, Hengmi Cui & Chengyi Song*. Low diversity, activity, and density of transposable elements in five avian genomes. Functional & Integrative Genomics. 2017 Jul;17(4):427-439. https://doi.org/10.1007/s10142-017-0545-0.
Bo Gao; Dan Shen; Songlei Xue; Cai Chen; Hengmi Cui; Chengyi Song*. The contribution of transposable elements to size variations between four teleost genomes, Mobile DNA. 2016 Feb 9;7:4. https://doi.org/10.1186/s13100-016-0059-7.
桑亚通，沈丹，陈伟，产舒恒，顾浩，高波，宋成义*，Tol2转座子介导斑马鱼rps26基因附近增强子捕获及注解分析，生物工程学报，2018，34(3)：449-458
沈丹，陈才，王赛赛，陈伟，高波，宋成义*，Tc1_Mariner转座子超家族的研究进展，遗传，2017, 39(1)：1-13
谢飞，高波，宋成义*，陈国宏，“睡美人”转座子的研究进展，遗传，2007，29（7）：785-792

分类目录归档：公开