PubGeneEditingTools

Editing Efficiency Prediction

TnpB Editing Efficiency Predictor (TEEP): https://go.tnpb.app/

Protein Mutational Effect Predictor (ProMEP): https://github.com/wenjiegroup/ProMEP

CRISPR

Chopchop: http://chopchop.cbu.uib.no/

CCTOP: CCTop – CRISPR/Cas9 target online predictor (uni-heidelberg.de)

CRISPR-CAS++ (paris-saclay.fr)

CRISPRone (indiana.edu)

CRISPRmap (uni-freiburg.de)

CRISPRDetect (otago.ac.nz)

CRISPRloci – CRISPR-Cas annotation (uni-freiburg.de)

crisprSQL – CRISPR off-target database

CRISPR RGEN Tools (rgenome.net)

https://chopchop.cbu.uib.no/

https://benchling.com/pub/c2c2

http://crispr-analyzer.dkfz.de/

http://www.e-crisp.org/E-CRISP/

http://crispresso.pinellolab.org/submission

http://guides.sanjanalab.org/#/

https://www.crisprindelphi.design/

Tools – brounslab

Addgene: CRISPR Plasmids and Resources

TALEN

Tools | TAL Effector Nucleotide Targeter 2.0 (cornell.edu)

http://www.e-talen.org/

Mojo Hand (talendesign.org)

TALENoffer – Jstacs

SAPTA TAL Targeter | Tools | tDnA (rice.edu)

ZNF

DeepZF

ZFNGenome

ZiF PREDICTION

Zibase

Zinc Finger Tools (scripps.edu)

The Zinc Finger Consortium | Software Tools (zincfingers.org)

GitHub – OrensteinLab/DeepZF

Predicting DNA Recognition – Main Menu (princeton.edu)

PubDatabase

Mobilome Database

RepBase: https://www.girinst.org/repbase/update/index.html

Dfam: https://dfam.org/browse

ISfinder: https://www-is.biotoul.fr/index.php

GYDB: http://gydb.org/index.php/Collection_alignments

Tncentral: https://tncentral.ncc.unesp.br/TnPedia/index.php/Main_Page

mobileOG-db: https://mobileogdb.flsi.cloud.vt.edu/

TE hub: https://tehub.org/classification/telineages

MsReDB: https://msrepdb.cbrc.kaust.edu.sa/pages/msRepDB/index.html

FISHTEDB: https://www.fishtedb.com/

PlantRep: http://www.plantrep.cn/

ICEberg: https://bioinfo-mml.sjtu.edu.cn/ICEberg2/index.php

Human RIP: http://dbrip.brocku.ca/

RICE RIP: http://ibi.zju.edu.cn/Rtrip/download.html#

L1 Database: l1base.charite.de

LINE-1 associated neurodegenerative disease gene therapy company: https://www.transposonrx.com/

Tn registry: https://transposon.lstmed.ac.uk/tn-registry

ERV: http://geve.med.u-tokai.ac.jp/

ERV: https://herv.img.cas.cz/

Using Transposons in the Lab:https://blog.addgene.org/plasmids-101-using-transposons-in-the-lab

Gene Engineering Services With TcBuster: https://www.bio-techne.com/services/gene-engineering-services

piggyBac: Wayback Machine (archive.org)

P element: P Elements in Drosophila

RNA

NONCODE

ncRNA databases

RNACentral

Rfam

rRNA

noncoRNA

cncRNAdb

non-coding RNA database resources

Bioinformatics Tools and Databases for Functional RNA Analysis

GtRNAdb

Protein

AlphaFold Protein Structure Database

InterPro

Pfma: http://pfam.xfam.org/

Yeast Genome Database: Saccharomyces Genome Database | SGD (yeastgenome.org)

The Genetic Codes:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi

Zebrafish

Chengyi Song Lab

Danio-Code:Ferenc Muller

Society for Zebrafish Research

OtherTools

TE annotation

MGERT: Mobile Genetic Elements Retrieving Tool

Generic Repeat Finder: A High-Sensitivity Tool for Genome-Wide De Novo Repeat Detection

TransposonUltimate-2022: software for transposon classification, annotation and detection

Earl Grey-2024: A Fully Automated User-Friendly Transposable Element Annotation and Analysis Pipeline

Genome ARTIST_v2-An Autonomous Bioinformatics Tool for Annotation of Natural Transposons in Sequenced Genomes

Transposable Element Finder – Detection of active transposable elements from NGS data

HiTE-2024: a fast and accurate dynamic boundary adjustment approach for full-length transposable element detection and annotation

Transposome-2015: a toolkit for annotation of transposable element families from unassembled sequence reads

RepeatFiller-2019: newly identifies megabases of aligning repetitive sequences and improves annotations of conserved non-exonic elements

ERVcaller

reputils: A small collection of command line functions to deal with TE alignments.

repeatR: read and analyse RepeatMasker output

RepBox-2023: a toolbox for the identification of repetitive elements

TARGeT: Tree Analysis of Related Genes and Transposons

TIR detection

IRF-2025-updated: Inverted Repeats Finder

MUSTv2-2017: An Improved De Novo Detection Program for Recently Active Miniature Inverted Repeat Transposable Elements (MITEs)

MiteFinderII-2018: a novel tool to identify miniature inverted-repeat transposable elements hidden in eukaryotic genomes

MITE Tracker-2018: An accurate approach to identify miniature inverted-repeat transposable elements in large genomes

IUPACpal-2021: efficient identification of inverted repeats in IUPAC-encoded DNA sequences

detectIR-2016-updated: detectIR download | SourceForge.net

gt-tirvish – Identify Terminal Inverted Repeat (TIR) elements,such as DNA transposons.

Lirex-2017: A Package for Identification of Long Inverted Repeats in Genomes

detectMITE-2016: A novel approach to detect miniature inverted repeat transposable elements in genomes

MITE-Hunter-2010: a program for discovering miniature inverted-repeat transposable elements from genomic sequences

MITE Digger-2013, an efficient and accurate algorithm for genome wide discovery of miniature inverted repeat transposable elements

TIRfinder-2013: A Web Tool for Mining Class II Transposons Carrying Terminal Inverted Repeats

TIR-Learner: Modified TIR-Learner for Rice genome

TIR-Learner v3: New generation TE annotation program for identifying TIRs

TSDfinder: The TSDfinder tool identifies TSDs plus non-LTR retrotransposon-driven transductions.

Gene/ORF and domain Prediction

Promoter: https://molbiol-tools.ca/Promoters.htm

GeneMark (Prokaryotic ): GeneMark gene prediction (gatech.edu)

Prodigal (Prokaryotic): Fast, reliable protein-coding gene prediction for prokaryotic genomes

Genscan: New GENSCAN Web Server at MIT

GetORF: EMBOSS: getorf (bioinformatics.nl)

ORFfinder: ORFfinder Home – NCBI (nih.gov)

Genome tool

tRNA database: http://gtrnadb.ucsc.edu/index.html

Rfam: https://rfam.org/

xfam:http://pfam-legacy.xfam.org/

InterPro:https://www.ebi.ac.uk/interpro/

Ensemble: https://www.ensembl.org/index.html

Animal Genome Size: Animal Genome Size Database:: Home

Genome browse: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse

Galaxy: https://usegalaxy.org/?msclkid=038ffcd4b64211eca081527e1ddb66da

BARCH ENTREZ: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez

Clustal Omega: https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/

EMBOSS: http://www.bioinformatics.nl/emboss-explorer/

CD-HIT: http://weizhong-lab.ucsd.edu/cdhit_suite/cgi-bin/index.cgi

USEARCH: https://drive5.com/

SeqLogo: http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi

Tree

TimeTree: http://www.timetree.org/

TolTree: http://tolweb.org/tree/

Lifemap: http://lifemap-ncbi.univ-lyon1.fr/

RNA

RNA-Protein Interaction Prediction (RPISeq)

hybridRNAbind

RStrucFam

PredRBR

omiXcore: a web server for prediction of protein interactions with large RNA

Protein tools and server

SMART: Simple Modular Architecture Research Tool

Toolkit: MPI Bioinformatics Toolkit

MOTIF: https://www.genome.jp/tools/motif/

Expasy: Swiss Institute of Bioinformatics

STRING: a database of known and predicted protein-protein interactions

EVOLVE: Evolutionary Variation Observation Learning and Variant Exploration

*DNA binding motif prediction: https://predictprotein.org/

DNABIND: DNA Binding Protein prediction

Protein-DNA binding specificity: DeepPBS

Predict Zinc Binding

Zinc finger proteins (ZFP)

ZnF-Prot: Zinc finger motifs in proteome

DNA binding site predictor for Cys2His2 Zinc Finger Proteins: Predicting DNA Recognition

ZiF-predict

Transposase domains prediction: NCBI Conserved Domain Search (nih.gov)

HMMsearch: https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer//search/phmmer

GraphSite: AlphaFold2-aware protein-DNA binding site prediction using graph transformer

Alphafold: https://alphafold.ebi.ac.uk/search/organismScientificName/Escherichia%20coli%20%28strain%20K12%29

PDB: https://www.rcsb.org/

HADDOCK2.4:https://wenmr.science.uu.nl/haddock2.4/

DNA and RNA fold

RNAfold web server

DNA Folding Form

Internal Link

Storage: kodbox.mobilome.cn

ChatGPT 学术优化 (mobilome.cn)

Website: Mobilome Lab

博士及博士后招聘

一、博士及博士后研究方向

研究方向1:靶向DNA转座子挖掘及高效安全载体递送技术研发
主要开展靶向DNA转座子挖掘、活性转座子验证筛选、系统优化和转座酶定向进化,为人类基因治疗和生物转基因研究提一种安全高效的靶向非病毒载体递送系统,为实现较大基因片段在细胞基因组中的高效定点整合,破解制约众多基因治疗和基因组改造应用的关键瓶颈,释放其在生物转基因育种和基因治疗等应用方向巨大潜力提供技术积累。

研究方向2:转座子起源小分子靶向核酸酶挖掘及基因编辑工具开发
通过对原核生物基因组大数据挖掘,揭示IS605,IS607和IS1341转座子起源小分子核酸酶(TnpB和IscB)的系统进化和结构特征,筛选具有开发潜力的小分子核酸酶进行定向进化、分子重构,研发基因编辑效率高、靶向特异性强的新型基因编辑工具,为人类基因治疗和转基因生物育种提供更加安全高效的编辑系统。

研究方向3:基于猪基因组中活性逆转座子插入多态(RIP)为基础的分子标记研发、RIP液相芯片及育种应用评估
主要开展猪等家畜基因组转座子注释,逆转座子介导产生分子标记(也称为转座子插入多态RIP,Retrotransposon insertion polymorphism)规模挖掘及其遗传效应研究,RIP标记配套液相芯片研发及其在育种中的应用评估。

二、博士申请(硕博连读和申请考核)要求

参照学校和学院每年发布的当年申请要求,一般应达到以下要求:

硕博连读基本条件
(一)拥护中国共产党的领导,具有正确的政治方向,热爱祖国,愿意为社会主义现代化建设服务,遵纪守法,品行端正。无任何考试作弊、学术剽窃及其它违法违纪行为。
(二)身体和心理健康状况符合我校体检要求。按照教育部、卫生部、中国残联印发的《普通高等学校招生体检工作指导意见》(教学〔2003〕3号)、《教育部办公厅卫生部办公厅关于普通高等学校招生学生入学身体检查取消乙肝项目检测有关问题的通知》(教学厅〔2010〕2号)规定执行。
(三)英语水平。通过CET-4或具有一年及以上的国外留学经历。
(四)学分课(学术型、专业型分别排名)成绩排名年级前50%,且没有考试不及格的课程。
(五)在满足上述条件的前提下,英语通过CET-6,或近三年雅思(IELTS)成绩≥6.5分或托福(TOEFL)成绩≥85或GRE成绩≥260;或以第一作者发表SCI论文(需Online,截止日期12月31日);或授权发明专利(排名前2名,截止日期12月31日)者,优先考虑。

申请考核基本要求
专业考核包括申请者科研成果、英语水平审核和面试考核。
(一)科研成果
1.以第一作者身份发表SCI收录论文1篇,或CSCD(核心库)收录论文1篇,或北大中文核心收录论文2篇;
2.在满足条件1的前提下,有授权发明专利(排名前2名)者优先。
(二)英语水平
英语水平达到以下条件之一:
1.提供以下至少一项英语考试的成绩证明,具体包括:国家CET-6成绩≥426分,或近三年雅思(IELTS)成绩≥6.5分或托福(TOEFL)成绩≥85(老TOEFL成绩≥560分);
2.在英语国家或地区获得硕士学位;
3.具有一年及以上的英语国家国外留学经历;
4.发表SCI三区(中科院分区)以上(含三区)论文1篇,且国家CET-4成绩≥426分。

三、博士后招聘要求

1、具有博士学位,品学兼优,身体健康,年龄不超过35周岁。
2、获得博士学位年限不超过两年。
3、全职全时,不招收在职博士后。
4、专业背景(生物学、遗传学、发育生物学、细胞生物学、生物化学与分子生物学、生物物理学、生物信息学、动物遗传育种),熟悉哺乳动物细胞培养或者生物信息学分析优先考虑。
5、学术要求(以下两项需满足一项即可):
(1)申请师资博士后需以第一作者在SCI期刊上发表论文至少2篇,且Top期刊研究论文1篇,或一区研究论文1篇。
(2)申请全职博士后需以第一作者在SCI期刊上发表研究论文2篇或二区以上研究论文1篇。
6、符合扬州大学博士后管理的规定

四、博士后应聘材料

1、个人简历,包括个人基本情况、学习工作经历、主要研究工作内容、博士在学期间发表的第一作者论著清单(SCI收录文章需注明影响因子)、获得的奖励情况。
2、博士学位证书、毕业证书(应届毕业生可于毕业后补发)。
3、博士论文全文PDF版(应届毕业生可于毕业后补发)。
4、博士在学期间发表的第一作者SCI收录论著全文。
5、两封专家推荐信(包括博士导师的推荐信)。
6、博士后工作期间研究设想。

五、待遇

1、博士的奖助学金参照学校和学院说明。

2、博士后按照扬州大学相关福利待遇规定执行,税前基本年薪25-30万元/年,详见学校博士后工作 (yzu.edu.cn)
2、在享受学校相关待遇基础上,课题组将另提供与其业绩相称的年终绩效奖励。

六、应聘方式

1、招聘长期有效,有意向者,请将详细的个人简历(包括完整的学习工作经历及代表成果清单)以邮件形式发送,邮件主题注明“申请扬州大学转座子实验室博士后/博士”;
2、联系人:宋老师 Email:cysong@yzu.edu.cn

国外学术岗位招聘

Job in Bioloxy

https://professorpositions.com/n1388548

学校规章制度

  • 课题组研究生成果奖励制度等(2025年试行)
  • 一、博士后、博、硕士研究生申请学位论文发表要求
  • 国内博士后至少发表1篇5分以上SCI研究论文(或者1区),积极申请国家、江苏省博士后基金、国家自然科学基金青年基金
  • 博士研究生发表2篇以上SCI研究论文,其中至少1篇3区以上
  • 硕士研究生发表1篇SCI研究论文
  • 二、研究生成果奖励制度
  • 论文奖励
  • 1区论文第1、2、3作者分别奖励:3000元/篇、1000元/篇、500元/篇
  • 2区论文第1、2、3作者分别奖励:1500元/篇、500元/篇
  • 3区论文第1、2作者分别奖励:1000元/篇、500元/篇
  • 4区及以下论文(含EI收录论文)第1作者奖励:800元/篇
  • 第1作者在北京大学《中文核心期刊要目总览》中的学术期刊上发表的论文500元/篇。
  • 注:
  • 在学校顶尖期刊杂志发表的论文,第1作者追加6000元/篇奖励,在学校顶级期刊杂志发表的论文,第1作者追加4000元/篇奖励,在SCI影响因子10以上杂志发表的论文,第1作者追加3000元/篇奖励,不累加,按照最高标准奖励。
  • SCI分区以当年中科院分区为准,SCI影响因子依据当年发布为准
  • 第2、3作者在论文奖励时,需要申报在发表论文中所作贡献,并经导师和第1作者确认贡献大小,如贡献很小或者无贡献则降低奖励标准或者不奖励。
  • 导师排名在前3不影响对论文有贡献学生的奖励,参照以上标准顺沿奖励除导师外排名前3学生。
  • 论文奖励发放以正式录用为准。
  • 其它奖励(专利、研究生创新计划项目资助和优秀毕业论文奖励等)
  • 申请发明专利并获得受理的主要完成人(除老师外,学生前2名),1000元/项,按照排名分别按70%:30%比例分配,如其他人确有较大贡献酌情奖励。
  • 研究生获得科研创新计划项目(第1申请人)省资助,1000元/项,校资助,500元/项,博士后获得全国博士后基金一般资助项目2000元/项,特别资助项目5000元/项,国家青年基金项目5000元/项。
  • 参加国内二级学会以上主办的会议作报告,400元/次,论文获奖,800元/篇。
  • 毕业后获得省级优秀论文追加奖励,省级优秀博士论文(3000元/篇),省级优秀硕士学位论文(1000元/篇)、本实验室硕士获得省级优秀本科毕业论文(1000元/篇)
  • 三、考勤和补助发放制度
  • 考勤时间:开学时间上午8:30,下午2:30,寒暑期间上午9:00,下午2:30,出勤率达80%以上为考勤合格
  • 博士研究生基础补助600元/月+绩效补助400元/月
  • 硕士研究生基础补助300元/月+绩效补助200元/月
  • 圆满完成值日任务,考勤合格,方可发放基础补助
  • 完成每月科研目标任务,方可发放绩效补助。
  • 四、读书报告及进展汇报安排
  • 博士、硕士研究生每周认真准备PPT,并汇报进展
  • Journal Club: 博士后、博士、硕士(志愿参加)轮流做英文读书报告(每周1人)
  • Postdocs and PhD students will take turns to present journal club reports in English (one person per week, after lab meeting), Master Volunteers are welcome to participate.
  • 读书报告文章除导师指定外,应为当年和上一年度发表的文章,IF>=5
  • Articles for the journal club reports should be from the current year or the previous year, with an Impact Factor (IF) of at least 5, unless specified by the supervisor.
  • 五、其它若干公约、制度
  • 本实验室所有成员应互帮互助、团结协作、服从管理,积极参与卫生清洁等公益工作,维护环境整洁优美,故意制造矛盾,无事生非,破坏实验室团结者取消在本实验室开展工作权利;
  • 任何时间不得在学习室和实验室玩游戏,发现1次者停发2个月补助,发现2次者,暂停培养,约谈家长;
  • 任何人不得在工作时间在学习室和实验室看电影、电视等视频,发现1次者停发1个月补助;
  • 研究生负责对指导的本科生进行安全、卫生等制度的教育,纪律制度参照研究生标准,不能认真执行且屡教不改者,中止实验,另择导师。
  •  
  • 学校制度
  • 1. 扬州大学动物科学与技术学院申请硕博连读考核办法(修订)-2023
  • 2. 扬州大学动物科学与技术学院博士研究生申请考核招生实施办法(修订)-2023
  • 扬州大学专利管理办法
  • 扬州大学申请博士学位的科研成果基本要求
  • 扬州大学博士后管理工作规定
  • 关于印发《扬州大学博士研究生指导教师招生工作实施细则(修订)》的通知
  • 关于印发《扬州大学博士研究生招生管理办法(修订)》的通知
中国科学院文献情报中心发布的《国际期刊预警名单(试行)》-2022

科研合作

PEI, Germany:Prof./Dr Zoltan Ivics Research Division of Medical Biotechnology – Paul-Ehrlich-Institut (pei.de)

Gao Bo and Shen Dan, Academic visiting in PEI, Germany, 2018-2019
Mobilome Group, Academic visiting in PEI, Germany, 2019

University of Birmingham, UK: Professor Ferenc Mueller – Institute of Cancer and Genomic Sciences – University of Birmingham

Ferenc Mueller, Academic visiting Mobilome Lab, 2015
Ferenc Mueller, Academic visiting Mobilome Lab, 2013
Ferenc Mueller, Academic visiting Mobilome Lab, 2013
Ferenc Mueller, Academic visiting Mobilome Lab, 2013
Chengyi Song, Academic visiting in Karlsruhe Institute of Technology (KIT), Germany, 2006-2007

FNB, Germany: Prof./Dr Klaus Wimmers fbn-dummerstorf.de

Chengyi Song, Academic visiting in FBN, Germany, 2015

Università di Messina, Italy: Prof. Enrico D’Alessandro unime.it

上海细胞治疗集团 shcell.com

先正达集团 Syngenta | China

其它国际知名基因和细胞治疗企业(目前无合作项目)

Tessera Therapeutics

药明康德 (wuxiapptec.com)

药明巨诺 (jwtherapeutics.com)

传奇生物 (legendbiotech.cn)

赛业生物 (cyagen.com)

Tn Progress

GroupSuperfamilyFamilyIdentified in TnLabTn number detectedSpecies number containing TnIdentified in other Lab
ITmTc1/marinerDD34E/ZB and ZB likeX629629 JWZ
DD34E/SB and SB likeX366366 JWZ
DD34E/Skipper (SK)X254200 WSS
DD35E/Traveler (TR)X9191 GB
DD36E/Incomer (IC)X154141 SYT
DD37E/TRT    
DD37E/Mosquito (MS)X7373 XKL
DD38E/Intruder (IT)X142142 ZWC
DD34D/MarinerX   
DD37D/maTX147147 WSS
DD39D/Guest (GT)X177177 WSS
DD41D/Visitor (VS)X194171 SD
DD × D (pogo)Fot/Fot-like (DD35D)X455364 GB
Passer (PS)/DD35DX404391 GB/WSS
Tigger/DD29-36X325325 GB/Mohamed
pogoR/DD29-59DX7468 GB
Lemi/DD29D-42DX8468 GB
Mover/DD36EX207 GB
DD82E/SailorDD82E/SailorX256256 SSS
DD34E/GambolDD34E/Gambol (GB)X2919 SSS
DD35E/Hiker (HK)X178178 SSS
IS256/DxxHMULEMuDR    CH/ADDY
Rehavkus    
P element     SSS/LY
hATTcBuster/TBX609609 GZX
Ac    
Tip    
Cleaner/CNX622622 SSS
Dancer/DNX124124 SSS
Roamer/RM 261261 SSS
Kolobok     JXF
IS1380/piggyBacpiggyBac  4444 WQ/WBQ/NK
?SOLASOLA1    CX
SOLA2    CX
SOLA3    CX
IS5/PHISPHISPIF/Harbinger    LMY
ISL2EU    WJ
Spy 150150 Mohamed
Pangu    
NuwaI    
NuwaII    
CCHHCMCEnSpm/CACTA    
Mirage    CX
Chapaev    LY/SSS
Transib     CX
?Academ     YNS
IS3/IS3EUIS3EU?
Rolling circleHelitron     YNS
Self-synthesizing?Tnv     CX/LMY
Self-synthesizing?Casposons Cas1     CX

Distribution of ITM

Distribution of pogo

Distribution of the well-defined familes of hAT

制定标准

1)国家标准:沙乌头猪(GB/T 40157-2021),起草人:王宵燕、宋成义、朱慈根、潘雨来、唐慧娟、王勇、侯庆永、李平华、陈才、安亚龙、沈富林、陆雪林、徐忠惠、李何君、吴昊旻、张新生、沈东

2)团体标准:猪SINE逆转座子插入多态(RIP)分子标记遗传多样性检测技术规程(T/JASSSS 81-2023),2023-5-23发布,起草人:陈才、王宵燕、宋成义、高波、潘雨来、王勇、朱慈根
3)江苏省地方标准:沙乌头猪(DB32/T 3852-2020) ,起草人:宋成义、王宵燕、陈才、高波、朱慈根、潘雨来、王勇、唐慧娟、侯庆永、刘宗华、李平华
4)江苏省地方标准:姜曲海猪(DB32/T 1009—2006),起草人:宋成义、经荣斌、王宵燕、张金存、杨元清、王勇、侯庆永。
5)江苏省实验用小型猪:遗传质量控制,起草人: 高波、宋成义、王宵燕、陈才等。
6)江苏省地方标准:米猪,起草人: 王宵燕、宋成义、高波、陈才等。

科研项目

  1. RNA引导靶向核酸酶挖掘及其与转座酶融合的基因靶向整合技术研发,横向合作项目,2023.1-2025.1
  2. 靶向基因递送系统TnpB关联转座子挖掘、优化及安全性评估(32271508),国家自然科学基金面上项目,2023.1-2026.12
  3. 猪脂肪酸智能化快速精准表型测定技术研发(NK202211060209),国家种业振兴专项子项目,2022.6-2026.12
  4. 猪全基因组选择RIP标记挖掘、液相芯片研发及其在苏姜猪育种中应用评估(JBGS〔2021〕028),江苏省种业振兴“揭榜挂帅”项目,2022.1-2026.12
  5. 农业部国家级地方猪品种(沙乌头猪、米猪、淮猪)遗传材料采集制作专项(19190634),农业部,2019/01-2020/12
  6. 转座子介导安全高效基因编辑技术研究(2018ZX08010-08B),国家转基因生物新品种培育重大专项重点项目,2018/01-2019/12;
  7. 猪蛋白编码基因内SINE转座子插入多态位点鉴定及其对基因活性和表型的影响(31872977),国家自然科学基金面上项目,2019/01-2022/12
  8. 猪基因组中活性转座子的插入多态鉴定及重要经济性状分子标记筛选(31572364),国家自然科学基金面上项目,2016/01-2019/12
  9. 猪蛋白编码基因3”UTR区SINE转座子插入多态位点的遗传效应研究(32002146),国家自然科学基金青年基金,2021.1-2023.12
  10. 3”UTR区SINE多态对基因活性的影响(2020M671630),中国博士后科学基金面上项目,2020.7-2021.7
  11. 转座子介导斑马鱼精子插入突变体库构建及超级增强子分离鉴定(31671313),国家自然科学基金面上项目,2017/01-2020/12
  12. 转座子介导克隆及分析鸡胚早期心脏发育相关基因(31200920),国家自然科学基金青年基金项目,2013/01-2015/12
  13. 猪精子RNA的起源机制、消亡规律及其早期胚胎发育调控功能研究(31272406),国家自然科学基金面上项目,2013/01-2016/12
  14. 优质抗病苏姜猪新品种产业化及持续育种能力建设,国家发展改革委员会生物育种能力建设和产业化专项([2014]2573),2014/01-2017/12
  15. 猪基因定点敲除与RNA靶向干扰研究(2009ZX08010-019B),国家转基因生物新品种培育重点项目子项目,2009/01-2010/12
  16. 以转座子多态为基础的猪分子育种关键技术创新及应用,项目编号CX(19)2016),江苏省农业科技自主创新资金项目, 2019.07-2022.06
  17. 利用转基因技术创制梅山医用小型猪(BY2013063-03),江苏省产学研联合创新资金–前瞻性联合研究项目,2013/06-2016/12
  18. SB转座子甲基化修饰在猪基因组上促转座作用研究(201104168),中国博士后科学基金特别资助项目,2011/10-2013/12
  19. 睡美人(SB)转座子在制备转基因猪中的应用(20100480371),中国博士后科学基金项目,2010/10-2013/12。
  20. 转座子载体法建立转基因鸡输卵生物反应器技术体系(BK2007555),江苏省自然科学基金项目,2007/06-2009/12。

授权和申请专利

授权专利

  1. 一种基于比较基因组学的转座子插入多态TIP分子标记的挖掘方法,ZL201910384029.7,授权时间:2023.7.28,发明人:陈才、宋成义、王宵燕、高波、沈丹、王赛赛、王亚丽、李奎,专利权人:扬州大学
  2. 一种与猪背膘厚关联的GHR基因内SINE转座子多态分子标记检测方法及应用,专利号:ZL201910409360.X,授权时间:2022.6.14,发明人:陈才、宋成义、王宵燕、高波、沈丹、王赛赛、王亚丽、李奎,专利权人:扬州大学
  3. 一个与猪背膘厚关联的ZNF2 基因内SINE 转座子多态分子标记及其检测方法,授权专利号:ZL202010690558.2,授权公告日:2022.7.17,发明人:宋成义、顾浩、陈才、高波、王宵燕、李奎,专利权人:扬州大学
  4. 一种与猪生长速度关联的SINE转座子多态分子标记及其检测方法和应用,专利号: ZL202011057170.5,授权公告日:2022.7.12,发明人:王宵燕、迟诚林、陈才、宋成义、高波、李奎,专利权人:扬州大学
  5. 一种提高猪生长速度的连锁分子标记、其检测方法及应用,专利号:ZL202010629476.7,授权公告日:2022.7.15,发明人:王宵燕、安亚龙、陈才、宋成义、高波、李奎、陈子璇、迟诚林,专利权人:扬州大学
  6. 一种PS转座子系统及其介导的基因转移方法,授权专利号:ZL201910366530.0,授权公告日:2022.7.15,发明人:宋成义、王赛赛、高波、宗文成、沈丹、王亚丽、产舒恒、桑亚通,专利权人:扬州大学
  7. 一种基于猪SINE转座子插入多态性研发新型分子标记的方法,授权专利号:ZL201710928980.5,授权公告日:2020.7.3,发明人:宋成义、陈才、王伟、杨昆仑、张丽、沈丹、王赛赛、王宵燕、高波,专利权人:扬州大学
  8. 一种基于猪LINE1转座子插入多态性研发新型分子标记的方法,授权专利号:ZL201710928978.8,授权公告日:2020年2月14日,发明人:宋成义、陈才、王伟、杨昆仑、张丽、沈丹、王赛赛、王宵燕、高波、赵旭庭、周春宝、陶勇、倪黎纲,专利权人:扬州大学
  9. 一种基于LINE1转座子与微卫星引物相结合的猪基因组分子标记挖掘方法,授权专利号:ZL201810068583.X,授权公告日:2020年2月7日,发明人:宋成义、王伟、陈才、张丽、沈丹、王赛赛、王宵燕、高波,专利权人:扬州大学
  10. 一种基于猪ERV转座子插入多态性研发新型分子标记的方法,授权专利号:ZL201710928987.7,授权公告日:2020年6月2日,发明人:宋成义、王伟、陈才、杨昆仑、张丽、沈丹、王赛赛、王宵燕、高波,专利权人:扬州大学
  11. 一种ZB转座子系统及其介导的基因转移方法,授权专利号:ZL201510429987.3,授权公告日:2019年5月7日,发明人:高波、沈丹、宋成义、钱跃、薛松磊、王赛赛,专利权人:扬州大学
  12. 一种转基因动物的制备方法,授权专利号:ZL200810123956.5,授权公告日:2010年12月22日,发明人:宋成义、高波、谢飞、王宵燕、陈国宏、孙丽亚、赵芹、吴晗,专利权人:扬州大学
  13. 一种基因免疫方法,授权专利号:ZL200810123602.0,授权公告日:2010年8月18日,发明人:宋成义、高波、谢飞、王宵燕、陈国宏、孙丽亚、赵芹、吴晗,专利权人:扬州大学
  14. 一种苏姜猪品种的培育方法,授权专利号:ZL201010178093.9,授权公告日:2012.07.25,发明人:经荣斌、宋成义、王霄燕、张金存、胡在朝,专利权人:扬州大学

申请专利

  1. 一种Buster转座子系统及其应用,申请日:2024.6.12,申请号:2024107525095,发明人:宋成义、关中夏、高波、王冰清、石莎莎
  2. 一种Spy转座子系统及其介导的基因转移方法,申请日:2024.1.30,申请号:20241012462067,发明人:宋成义、Mohamed Diaby(中文名:莫哈迪;国籍:科特迪瓦)、高波、石莎莎、王冰清、吴晗